首先，对于甲乙两家公司各占50%成立的公司来说，这是一个典型的合资公司结构。在这样的结构中，公司的高层管理人员和法定代表人的指派通常是由各股东方协商决定的。

1. 董事长和法定代表人指派：

董事长作为公司董事会的领导者，负责召集和主持董事会会议，对外代表公司签署重要文件等。法定代表人则是公司在法律上的代表，通常情况下，董事长可以同时担任法定代表人。

在这种情况下，既然是由甲公司派出董事长和法定代表人，这意味着甲公司在公司治理结构中占据了主导地位。但是，这种安排需要得到乙公司的同意，并且在公司章程或相关的股东协议中有明确的规定。

2. 公司治理应注意的要点：

- 董事会和股东大会的决策应当体现公平性，保证乙公司的权益不受损害。
- 股东协议中应明确双方的权利和义务，包括但不限于董事提名权、利润分配、决策权等关键条款。
- 甲乙双方在公司运营管理中应保持透明度，确保双方都能参与到公司的重大决策过程中。

3. SEO规则下的回复总结：

在遵循SEO规则的前提下，以下是针对提问者问题的总结：

- **合资公司治理**：介绍了合资公司中董事长和法定代表人的指派方式和治理结构。
- **股东权益保护**：强调了股东协议中保护双方权益的重要性，尤其是在一方控制公司经营管理时。
- **公司决策透明度**：指出确保双方在决策中有公平参与的重要性。

最后，希望以上信息能够帮助您完全理解合资公司中董事长和法定代表人的指派及其相关的公司治理问题。如有其他疑问，欢迎继续提问，我会耐心为您解答。