安全工程师证书是由我国相关政府部门发放的，具体来说：

1. 发放部门：安全工程师证书的发放主体通常是各地的人力资源和社会保障部门（或其授权机构），或者是专门负责安全生产监管的政府部门。

2. 考试与认证：安全工程师需要通过国家统一的资格考试，考试内容涵盖安全生产法律法规、安全生产管理、安全生产技术等方面。考试合格后，由人力资源和社会保障部门颁发安全工程师资格证书。

3. 资质类别：安全工程师证书根据专业类别和级别不同，分为多个种类，如煤矿安全、金属非金属矿山安全、化工安全等。

4. 使用范围：安全工程师证书在全国范围内有效，持证人可在相关行业和企业从事安全生产管理工作。

综上所述，安全工程师证书是由我国人力资源和社会保障部门（或其授权机构）发放的，通过统一的资格考试合格后颁发。希望这些信息能对您有所帮助，如有其他疑问，请随时提问。祝您工作顺利！