北京证券交易所是中国人自己设立的最早的证券交易所——早在辛亥革命后的1918年就设立了，当时该交易所被确定为股份有限公司，以经营股票、债券为主，同时兼做外币的交易。
1918年北京证券交易所成立时，北京是北洋政府的首都，北洋军阀政府为弥补财政亏空，不惜以高利大借内外债，由此刺激了北京金融业的发展，各种金融机构纷纷成立，也使得北京证券交易所买卖兴隆。1927年新政府定都南京，公债发行中心也随之南移，北京的证券交易所便日趋冷落，失去了其固有的重要地位。之后，北京证券交易所经营公债失去往日的优势，经营每况愈下。抗日战争爆发后，北京沦陷，北京证券交易于1939年初歇业。抗日胜利后接着又发生了全面内战，到解放前夕，北京证券交易所一直处于歇业状态。
1949年1月31日北京和平解放， 1950年1月30日，北京证券交易所举行了开业典礼，重新挂牌营业。由于过分投机，加上政府严格管理，经纪人出现巨额的呆账，资金周转不灵，许多经纪人停业，至1952年10月，北京证券交易所被政府宣告关闭。之后，随着我国对农业、手工业和资本主义工商业社会主义改造的完成，传统社会主义理论和计划经济体制开始否定和排斥证券市场，因此，中国不再有证券交易所了。
上世纪80年代起，我国企业股份制改造开始，股份有限公司随之诞生，随着股票、债券等有价证券的出现，就产生了股票、证券等有价证券的交易活动。为了使股票、证券等有价证券进行规范有序的交易，上海证券交易所、深圳证券交易所先后于1990年12月及1991年7月开业。但是上交所与深交所都是服务于上市公司的证券交易所，而实际上99%以上的中小企业不符合上市条件，不能上市，但是这些众多中小企业却非常需要资本市场的支持，因此设立“场外证券交易市场”显得非常必要。
客观地说，这个场外证券交易所建在哪个地方，就会对该地区经济社会的发展有巨大的推动作用，因此，面对场外市场的巨大蛋糕，各地都积极争取，力图在本地建设统一的全国性场外交易市场。天津、重庆、成都、武汉、广州、河南等等无不希望把全国性场外交易市场设立在本地，面对各地纷纷争夺之战，当时管理层也是难以定夺。
中国银河证券股份有限公司博士后科研工作站区域经济专题研究员田书华博士后，根据国内外经济发展情况，从国家整体经济发展及区域经济协调发展的角度考虑出发，于2011年12月2日发布了区域经济专题研究报告《以中关村股份报价转让系统为基础在北京设立全国性场外交易市场》，该报告引起了国家有关部门及领导的高度关注，得到了社会的认可。在综合考虑各种因素基础上，经国务院批准，全国性场外交易市场——“北京证券交易所（全国中小企业股份转让系统有限公司）”于2012年9月20日在国家工商总局注册成立。“北京证券交易所”的设立意味着中国大陆证券交易所“三足鼎立”的格局已经形成。
2013年1月16日“北京证券交易所（全国中小企业股份转让系统）”在北京市金融街金阳大厦举行了揭牌仪式，标致着新的北京证券交易所正式成立并开业，也意味着中国大陆证券交易所“三足鼎立”的格局已经形成——上海证券交易所、深证证券交易所、北京（场外）证券交易所。