主要区别在于毕业后有没有研究生学历证，双证就是既有研究生学历，又有硕士学位，单证只有硕士学位，但是其实学历并没有更新，国内还是比较重视学历的。
现在在职研究生普遍是双证的，毕业可以拿到研究生学历证和硕士学位证。以前普遍是单证，只有学位证。
国内在职研究生有变迁的过程，2019年之前每年有两次研究生全国统考，一次是10月份的单证考试，另一次是12月份的双证考试，很多人参加10月考试毕业拿的单证。 2019年之后国家规范研究生考试，取消单证考试，并入了12月的全国研究生统一入学考试，归属专业硕士门类里面。所以，通过12月底统考入学的在职研究生，毕业后都可以获得双证（学历证和学位证）。
除此之外，目前还保留的一种单证的在职研叫同等学历申硕。同等学力在职研究生是指本科获得学士学位后工作三年（大专及以下学历不行），进行非脱产的学习修满学分，获得在职研究生课程进修班结业证书，满足申请硕士学位的流程之后，通过国家组织的每年五月份举行的同等学力人员申请硕士学位全国统一考试，完成研究生论文并答辩通过，获得硕士学位证书，没有学历证书。随着双证专业硕士的发展，同等学力申硕这几年关注度不高。