清华大学在职研究生和同等学力申硕的区别主要在以下几个方面：

1. 学习方式：在职研究生是一种工作和学习兼顾的方式，学生需要在工作之余参加课程学习和科研活动；而同等学力申硕则是一种全日制的研究生教育，学生需要全职参加课程学习和科研活动。

2. 学习时间：在职研究生的学习时间相对较长，一般需要3-5年才能完成学业；而同等学力申硕的学习时间较短，一般只需要2-3年。

3. 学习内容：在职研究生的课程设置更加注重实践和应用，强调工程实践和实际问题解决能力的培养；而同等学力申硕的课程设置更加注重理论和研究方法的学习，强调学术研究和科学创新能力的培养。

4. 学费和奖学金：在职研究生的学费相对较高，一般需要自费或者由单位提供资助；而同等学力申硕的学费相对较低，同时还有一定的奖学金和助学金可供申请。

总体来说，清华大学在职研究生和同等学力申硕都是高端研究生教育，学生可以根据自己的工作和学习需求选择适合自己的学习方式。