办公室
拟订全省国税系统年度工作计划、有关工作制度；组织起草和审核省局重要文稿；负责机关文电、机要、会务、档案、督办、信访、保密、密码、保卫等工作；承担面向社会的税收宣传、新闻发布及机关政务公开、政府信息公开工作；承办网站运行和维护工作；管理机关财务和其他行政事务；组织办理人大代表议案、建议和政协委员提案的有关事项。
政策法规处
拟订并组织实施全省国税系统依法行政、依法治税工作方案；组织协调涉及多税种、综合性税收政策的落实工作；组织开展综合性税收政策调研；承担机关有关规范性文件的合法性审核工作，并定期进行清理、评估和反馈；承办局外涉及多税种、综合性税收政策文件会办工作；牵头重大税收案件审理及规范税务行政审批工作；承办税收规范性文件的备案备查工作；办理行政复议、赔偿案件及行政诉讼案件；组织反补贴案件的应对工作。
货物和劳务税处（进出口税收管理处）
组织实施增值税、消费税、营业税、车辆购置税的征收管理工作，拟订征收管理具体实施办法；对有关税种的具体业务问题进行解释和处理；组织实施有关税种的纳税评估、税源管理等办法；管理增值税专用发票；指导有关税种的日常管理、日常检查；参与有关税种的纳税辅导、咨询服务、税收法律救济工作。
组织实施进出口贸易税收管理工作，拟订税收管理具体实施办法；参与编制年度出口退（免）税计划，分配下达年度内退税计划；组织实施出口退税管理工作；监督检查进出口税收政策的执行情况。
所得税处
组织实施企业所得税、储蓄存款利息所得税和法律法规规定的基金（费）等征收管理工作，拟订征收管理具体实施办法；对所得税有关税种的具体业务问题进行解释和处理；组织实施有关税种的纳税评估、税源管理、税基管理、汇算清缴等办法；指导所得税有关税种的日常管理、日常检查；参与有关税种的纳税辅导、咨询服务、税收法律救济工作。
收入规划核算处
牵头编制年度税收计划、出口退（免）税计划，分配下达年度免抵调库计划；监督检查税款缴、退库情况；组织开展税收收入分析预测、税收收入能力估算及重点税源监控、企业税收资料调查工作；组织落实税收会计核算、统计核算、税收票证管理等相关制度；承担税收收入数据的综合管理应用工作，对外发布税收收入数据。
纳税服务处
组织、协调和指导全省国税系统各部门、各税种、各环节的纳税服务工作；组织实施纳税服务工作规范和操作规程；组织落实纳税人权益保障规章制度及规范性文件；组织协调、实施纳税辅导、咨询服务、税收法律救济等工作，受理纳税人投诉；组织实施税收信用体系建设；指导税收争议的调解；组织实施面向纳税人的税法宣传。
征管和科技发展处
组织落实综合性税收征管法律法规、部门规章及规范性文件，拟订具体操作办法；研究提出专业化征收管理和税收征管规程完善的建议；组织实施税收征管数据管理和应用办法、综合性纳税评估办法，承办征管质量考核、风险管理和税收收入征管因素分析工作；承担税务登记、纳税申报、普通发票管理、税控器具推广应用等工作；组织落实个体和集贸市场税收征管、税收管理员制度。组织落实税收管理信息化建设规划、方案、制度；组织实施本系统信息技术体系建设和监督、验收；承担税收管理信息化建设项目立项、技术标准、业务需求、资金使用等方面的管理工作；承担税收管理信息化制度建设和监督检查。
财务管理处
拟订财务管理、基本建设管理等办法；审核汇编部门预算、决算；组织实施会计核算、会计基础规范工作，分析考核征税成本；组织实施国库集中支付工作，办理具体支付事项；组织实施全省国税系统资产的购置、占有、使用、处置、清理等工作；承担着装管理工作。
组织落实政府采购规章制度，拟订具体实施办法和操作规程；拟订年度采购计划，办理具体采购事项；规范本系统政府采购业务管理，防范和化解采购风险。
督察内审处
组织实施税收法律法规、部门规章及规范性文件执行情况的监督检查；组织实施财务管理、基本建设项目、大宗物品采购审计和领导干部经济责任审计工作；组织落实税收执法责任制制度、税收执法过错责任追究制度，承担税收执法质量考核工作；督察落实税收执法检查结论和各类审计结论。
人事处
组织落实干部人事制度及税务人才队伍建设规划，拟订具体实施方案；承担人事、机构编制和公务员管理、奖励工作；承担工资、人事档案、专业技术职务管理等工作；承担下一级领导班子及领导干部和后备干部的管理、考核及监督等工作；监督检查全省国税系统执行干部人事规章制度情况；办理出国政审事项。
巡视工作办公室
组织落实巡视工作制度，拟订具体实施办法；拟订年度巡视工作计划，组织开展巡视工作；监督检查下一级领导班子及领导干部执行政治纪律、组织纪律、群众工作纪律和党风廉政建设等方面的情况；落实、协调、督办干部监督工作联席会议领导小组议定、决定事项。
教育处（思想政治工作办公室）
拟订并组织实施人员培训、学历教育管理制度、工作规划、年度计划；组织开展培训质量考核与评估；承办教育培训项目的开发与管理；承担教育培训经费管理和培训机构业务管理工作；指导、检查全省国税系统教育培训工作；组织实施全省国税系统党建工作、思想政治工作、精神文明建设、税务文化建设和基层建设。?
监察室
组织落实纪律检查、行政监察工作制度，拟订具体实施办法；监督检查全省国税系统各级机关及工作人员贯彻执行党的路线方针政策和遵守国家法律法规、部门规章情况；监督检查全省国税系统各级领导班子及其成员维护党的纪律、贯彻民主集中制、选拔任用干部、贯彻党风廉政责任制和廉政勤政的情况；组织协调全省国税系统的党风廉政建设和反腐败工作；受理对全省国税系统工作人员违法违纪行为的检举、控告及有关申诉；查处全省国税系统工作人员违法违纪案件及其他重要案件；开展执法监察和纠风工作。
国际税务管理处（大企业税收管理处）
指导、协调、检查有关税收法律法规和国家（地区）间税收协议、协定（安排）的执行；组织落实非居民企业所得税征管制度，处理国家（地区）间的有关税务事项；牵头组织实施特别纳税调整工作，解释和处理具体业务问题；管理机关和系统外事工作。
承担对大型企业提供纳税服务工作；承担对大型企业的税源管理、纳税评估和日常检查工作；组织实施汇总（合并）纳税企业税收日常检查工作。
机关党委办公室 负责机关和直属单位的党群及工会、共青团、妇女等工作；承担机关精神文明建设和机关人员思想政治工作；承担入党积极分子的教育培训考察工作及发展党员工作；承担机关统战工作。
离退休干部处 承担机关离退休干部的服务和管理工作；督促、检查、指导全省国税系统离退休干部工作；组织离退休干部工作经验交流，协调全省国税系统离退休干部活动。 稽查局
组织落实税务稽查法律法规、部门规章及规范性文件，拟订具体实施办法；组织、协调、督办税收违法案件的查处；受理税收违法案件的举报，办理重大税收违法案件的立案和调查的有关事项并提出审理意见；牵头组织实施税收专项检查和税收专项整治工作；协调公安、检察、审判机关处理税务稽查有关工作；指导、协调税务稽查工作。
稽查局设6个内设机构（正科级）：办公室、综合选案科、检查科、案件审理科、案件执行科、举报中心。 信息中心
承担本系统信息化建设的技术服务、技术支持和技术保障工作；承担税收管理信息系统的运行维护工作；组织本系统技术基础设施建设管理与运维；参与拟订税收管理信息化建设规划和实施方案，参与税收管理信息化建设项目立项、技术标准、业务需求、资金使用等工作；组织本系统信息安全管理与实施。
机关服务中心
承担机关后勤事务的管理、保障和服务工作，拟订机关事务具体工作制度并组织实施和监督检查；参与机关后勤体制改革工作；指导全省国税系统后勤服务工作。
税收科学研究所
拟订并组织实施全省国税系统税收科研工作规划、方案；承担税收基础理论、应用理论和专题研究等工作；收集、整理税收资料；编辑税务内部期刊、地方税志。
注册税务师管理中心
组织落实注册税务师行业管理政策及管理制度，承担行业执业资格、资质审核认定及考试、培训工作；监督、检查行业执业情况。
吉林省税务干部学校
承担全省国税系统教育培训的实施工作。
吉林省税务干部学校设8个内设机构（正科级）。