ISO9000质量体系和TC16946都是国际标准，用于指导企业建立和实施质量管理体系。它们的主要区别在于：

1. 适用范围不同：ISO9000适用于所有类型和规模的组织，而TC16946仅适用于信息技术领域的组织。

2. 标准要求不同：ISO9000强调质量管理体系的建立、实施、监控和持续改进，而TC16946更加注重信息安全管理体系的建立、实施、监控和持续改进。

3. 相关标准不同：ISO9000包括ISO9001、ISO9002和ISO9003等标准，而TC16946包括ISO/IEC 27001和ISO/IEC 27002等标准。

4. 审核方式不同：ISO9000采用第三方审核方式，TC16946采用第二方审核方式。

综上所述，ISO9000和TC16946都是重要的质量管理标准，但它们的适用范围、标准要求、相关标准和审核方式等方面存在不同。企业在选择适合自己的质量管理标准时，需要根据自身的特点和需求进行选择。