根据协会章程规定的职责任务，协会设5个职能部室，即资质注册部、教育培训部、科研信息部、期刊编辑部、办公室。
协会各部室职责如下：
（一） 资质注册部
1．接受建设部标准定额司委托，负责工程造价咨询单位资质的日常管理工作。
2．接受建设部标准定额司委托，负责办理造价工程师初始注册、续期注册及变更注册等有关手续。
3．协助建设部指导各省级、部门注册机构办理造价工程师初始注册及后期管理等工作。
4．建立我国工程造价行业自律机制，规范行业执业行为，依法促进和保障工程造价行业健康发展，维护工程造价咨询单位及造价工程师的合法权益。
5．协助建设部标准定额司起草、修订工程造价咨询行业和造价工程师注册管理的有关法规、资质标准和质量标准等。
6．负责联系并组织工程造价行业专家委员会开展工作。
7．做好协会会员的日常管理工作，并及时催交会费。
8．根据协会章程，积极发展协会会员，为会员提供优质服务，维护其合法权益。
（二） 教育培训部
1．负责造价工程师继续教育的组织、管理、监督、检查工作。
2．负责编制造价工程师继续教育长期规划和年度计划。
3．负责组织造价工程师继续教育教材的编写及出版发行工作。
4．负责组织造价工程师网络教育及课件制作工作。
5．负责联系并组织 教育专家委员会开展工作。
6．负责组织造价工程师师资及高级造价专业人员培训。
7．开展国际合作培训、交流和智力引进工作。
（三） 科研信息部
1．负责组织和实施工程造价行业科研课题的立项和研究工作。
2．接受建设部标准定额司委托，负责工程造价计价依据等方面的基础建设工作，组织各行业专业委员会和工作委员会进行专业工程计价规范等编制工作。
3．负责组织并建设工程造价价格信息系统。
4．开展工程造价信息、软件和业务成果的交流工作。
5．负责造价工程师考务及其师资建设工作。
6．协助建设部编写造价工程师考试大纲和考试培训教材。
7．负责协会网站的日常维护和内部局域网的建设。
（四） 期刊编辑部
1．负责《工程造价管理》期刊的编辑、出版等工作。
2．按《广告法》的规定及要求进行广告活动。
3．做好期刊的发行工作。
4．组织全国工程造价管理类期刊交流及优秀期刊评比工作。
（五） 办公室
1．协助协会领导处理日常行政事务。
2．负责起草协会年度工作计划、工作总结及其他行政公文。
3．负责制订协会的规章制度,并监督执行。
4．负责协会召开的会议组织与会务工作。
5．负责协会财务工作，负责编制、执行协会各类经费预算计划和年终决算。
6．负责协会外事工作。
7．负责协会日常的人事、劳资福利及文书档案工作。
8．负责固定资产管理工作。
9．负责党务、工会的日常工作。