企业在重组过程中会发生资产评估增值，增值部分是否缴纳企业所得税，应按照原值还是评估价值计提折旧或摊销，都是一个不可忽视的问题。
《企业所得税法实施条例》第五十六条规定：“企业的各项资产，包括固定资产、生物资产、无形资产、长期待摊费用、投资资产、存货等，以历史成本为计税基础。前款所称历史成本，是指企业取得该项资产时实际发生的支出。”
因此，企业的资产应以历史成本法核算，即增值部分不缴纳企业所得税，但须按照资产原值计提折旧或摊销。财税主管部门曾对一些大型国有企业下发过特殊政策。
《财政部、国家税务总局关于中国冶金科工集团公司重组改制上市资产评估增值有关企业所得税政策问题的通知》（财税〔2019〕47号）规定：“一、中国冶金科工集团公司在重组改制上市过程中发生的资产评估增值2129385万元应缴纳的企业所得税不征收入库，直接转计中国冶金科工集团公司的国有资本金。二、对上述经过评估的资产，中国冶金科工股份有限公司及其所属子公司可按评估后的资产价值折旧或摊销，并在企业所得税税前扣除。”
《财政部、国家税务总局关于中国中化集团有限公司重组上市资产评估增值有关企业所得税政策问题的通知》（财税〔2019〕49号）规定：“一、中国中化集团有限公司在重组改制上市过程中发生的资产评估增值5060464.25万元应缴纳的企业所得税不征收入库，直接转计中国中化集团有限公司的国有资本金。二、对上述经过评估的资产，中国中化集团有限公司及其所属子公司可按评估后的资产价值计提折旧或摊销，并在企业所得税税前扣除。”
国有企业改制上市过程中发生的资产评估增值，应缴纳的企业所得税可以不征收入库，作为国家投资直接转增该企业国有资本金；评估增值资产，可按评估价值入账并按有关规定计提折旧或摊销，在计算应纳税所得额时允许扣除。《财政部、国家税务总局关于企业改制上市资产评估增值企业所得税处理政策的通知》（财税〔2019〕65号）也对国有企业改制上市过程中发生资产评估增值作如此处理。这样做的好处是企业会计成本与计税基础一致，消除了税会差异。