在涉及国家出资企业的资产流转、交易等过程中，合理评估相关资产的价值，是国有资产管理的一项重要基础性工作，是促进公平交易、防止国有资产损失的重要手段。然而，当前国企改制评估过程中存在着一些不可忽视的问题。
(一)不根据资产类别，只笼统委托一家具有资产评估资质的评估机构进行所有资产的评估工作
我国评估机构分为资产评估机构、土地估价机构、矿业权评估机构和房地产估价机构等四类。
土地使用权必须经具备土地估价资格的评估机构进行评估，并按国家有关规定备案。
探矿权、采矿权必须经具有矿业权评估资格的评估机构进行评估作价，采矿权评估结果报国土资源主管部门确认。
按相关部门规定，需过户的房地产评估仍需要具有房地产估价资质的评估机构评估。
因此，应根据资产的不同类别分别委托不同的评估机构进行评估，并将不同资产的评估结果纳入改制企业整体资产评估报告中。
(二)忽视了评估基准日的选择
上级公司或国有资产监督管理委员会(以下简称国资委)往往只重视对评估程序的审查，忽视了评估基准日的选择，由改制企业自行决定评估基准日，容易出现改制企业恶意选择评估基准日，操纵评估结果的现象。
例1：A国企改制立项后，企业负责人擅自将某商业网点低价对外租赁并制造房产陈旧的假象，故意将评估基准日推后，要求评估机构参照该租赁价格进行评估，评估机构进行估算时参照了该租赁价格，评估价格只是市场价格的50%。如果从评估报告来看，上述评估是符合有关程序的，但确实造成国有资产流失。幸亏发现该问题并予以纠正，避免了国有资产流失。
(三)资产评估范围不完整
资产评估的范围包括改制企业的流动资产、长期投资、固定资产和无形资产等。但是在评估过程往往存在如下几种情况：
1　对关闭、停业等难以持续经营的企业没有进行资产评估。根据规定，原则上也应将关闭、停业企业纳入资产评估范围。
例2：B国企在资产评估过程中，没有对其已停业多年的子公司C企业进行资产评估。国资委聘淆专家评审B国企的评估项目时发现此问题，要求该企业补充进行了C企业的资产评估，B国企评估项目才顺利通过了专家评审，国资委对该公司的评估项目进行了备案。
2　对未入账的划拨土地使用权未纳入资产评估的范围。
例3：D国企在资产评估过程中，没有对应入账的划拨土地使用权进行评估。幸亏上级公司审核资产评估报告时发现此问题并予以及时纠正，避免了国有资产流失。
3　对专利权、非专用技术、商标权、特许经营权和商誉等极具价值和增值潜力的无形资产按极低的价格评估或不评估也不说明理由。按规定涉及企业的专利权、非专用技术、商标权、特许经营权和商誉等无形资产也必须纳入评估范围，但评估机构却没有进行评估，也不说明不评估理由。
(四)评估方法的运用欠妥当
1　企业价值评估方法单一
部分评估机构仅运用重置成本法对企业价值进行评估，往往只评估资产负债表上现有的资产，不评估资产负债表上没有的资产，漏评商誉等无形资产，导致评估价值往往低于企业的实际价值。
收益现值法是企业价值评估中最科学的且在国外普遍运用的评估方法。收益现值法在合理预计资产能够创造的未来收益的过程中，已将上述无形资产考虑在内，真正体现了企业的整体价值。按规定涉及企业价值的资产评估项目，以持续经营为前提进行评估时，原则上要求运用两种以上方法进行评估，并在评估报告中列示，依据实际状况充分、全面分析后，确定其中一个评估结果作为评估报告使用结果。
2　单项资产和负债评估方法不恰当
一些评估师在对某些资产进行评估时方法选择不恰当，引用的评估假设不妥，扭曲了资产价值。(1)不适当地对债权作了巨额的评估减值，甚至擅自对债权评估为零。(2)对于长期股权投资的评估，部分评估机构按照母子公司合并会计报表进行评估，不符合《资产评估操作规范意见(试行)》第四十九条和第五十条规定，应以子公司单独进行评估后的净资产计到母公司长期股权投资项目下反映。(3)房屋、机器设备等固定资产仅运用重置成本法进行评估，只考虑了重置成本和成新率，而忽视了固定资产的性、地域、市场状况、使用效益等，很难真实地反映评估对象的公允价值，条件允许时应运用现行市价法或收益现值法对固定资产进行评估。
错误地高估了负债。对债务作了大幅度的清查增值，但没有对无法支付的债务进行处理，按清查后账面值确认债务的评估值，从而高估了债务。
上述评估方法导致严重低估了改制企业的净资产，容易造成国有资产流失。
(五)改制企业提供资料不齐备
改制企业提供评估资料时，存在资料不完备、不齐全，资料前后矛盾的现象，甚至故意提供了虚假情况和资料，难以真实地反映改制企业的全貌，容易漏评资产或虚增负债，造成国有资产流失。