甲公司的子公司持有的以公允价值计量且其变动计入其他综合收益的金融资产的公允价值相对年初下降1200万元。这是成本法核算，母公司不入账，为什么会导致归属于母公司的所有者权益下降呢？

首先，我们要明白在成本法下，母公司对子公司的投资是按照成本进行核算的，不直接反映子公司持有的金融资产公允价值变动。但是，当子公司的金融资产公允价值发生变动时，这种变动会影响到子公司的所有者权益，进而影响到母公司的所有者权益。

以下是具体的解释：

1. 公允价值变动计入其他综合收益：当子公司的某项金融资产是以公允价值计量，并且其变动计入其他综合收益时，意味着这项金融资产的公允价值变动不会直接影响子公司的利润表，而是计入所有者权益中的其他综合收益。

2. 子公司所有者权益的变动：若该金融资产的公允价值相对年初下降了1200万元，这将导致子公司的所有者权益减少。因为其他综合收益是所有者权益的一部分，这部分价值的下降直接减少了子公司的所有者权益总额。

3. 母公司所有者权益的反映：尽管母公司采用成本法核算对子公司的投资，并不直接反映子公司金融资产公允价值的变动，但母公司持有子公司的股权比例所对应的所有者权益会受到子公司所有者权益变动的影响。换句话说，母公司通过其所持有的股权比例，间接承担了子公司所有者权益变动的一部分。

因此，以下情况会导致母公司所有者权益下降：
- 子公司所有者权益下降，因为金融资产公允价值下降。
- 母公司持有子公司的股权比例不变，所以在母公司的合并报表中，会反映出相应比例的权益价值减少。
- 最终导致归属于母公司的所有者权益出现下降。

总结来说，尽管成本法下母公司不直接入账金融资产公允价值的变动，但是子公司所有者权益的变动会通过母公司所持股权比例，间接影响到母公司的所有者权益，导致其下降。

希望这个解释能够帮助您理解这个问题，如有其他疑问，请随时提问。我会耐心为您解答。