您好！关于您提出的问题，公司应缴纳增值税时未减去购进机动车支付的收购价款中的进项税额，这可能是由于以下几个原因：

1. **进项税额的适用性**：
- 根据中国增值税法的规定，进项税额是指企业购进货物、接受服务时支付的增值税，这部分税额可以用于抵扣销售时产生的销项税额。但是，并不是所有的进项税额都可以直接用于抵扣，其用途和条件是由税法明确规定的。

2. **特定商品的特殊规定**：
- 对于购进的机动车，可能涉及到一些特殊规定。例如，如果这些机动车是用于非增值税应税项目（如非经营性用途），或者是用于简易计税方法计税的项目，那么其进项税额可能不能直接用于抵扣。

3. **税务处理的具体情况**：
- 若公司是采用一般计税方法计税，且购进的机动车用于应税项目，正常情况下进项税额是可以抵扣的。如果未抵扣，可能是因为：
- a. 购进的机动车尚未取得合规的增值税专用发票，或者发票不符合要求，无法作为抵扣的凭证。
- b. 该笔进项税额已经用于其他抵扣，或者是在当期的申报中未能正确申报。
- c. 可能存在税务审计或自查中发现的问题，导致该部分进项税额暂时不能抵扣。

4. **时间性因素**：
- 进项税额的抵扣还存在时间限制，必须是在有效期内进行抵扣。如果超过了规定的抵扣期限，那么这部分进项税额将不能抵扣。

建议您公司具体核实以下情况：
- 检查购进机动车时取得的增值税专用发票是否符合规定，是否在有效期内。
- 核实该笔进项税额是否已经在之前的税务申报中被正确抵扣。
- 咨询税务顾问或税务局，确认是否有特殊规定或最新政策变动影响到该笔进项税额的抵扣。

希望我的回答能够帮助您解决问题，如有其他疑问，请随时咨询。祝工作顺利！