由于管理不善违反违规造成的存货盘亏，在做账务处理时，应转出的增值税金额税额是否也应计入待处理损溢中？会计分录如下：借：待处理财产损溢 贷：原材料 应交税费-应交增值税（进项税额转出）

在这种情况下，由于存货盘亏是由管理不善导致的违规行为引起的，根据中国会计准则和税法的相关规定，进项税额确实应当转出。以下是详细的解释和会计分录处理方法：

1. **增值税进项税额转出的依据**：
- 根据《增值税暂行条例》及其实施细则，因管理不善等原因造成的货物损失，其对应的进项税额是不允许抵扣的，应当作进项税额转出处理。

2. **会计处理**：
- 在做账务处理时，盘亏的存货应当计入“待处理财产损溢”账户。
- 同时，对应的增值税进项税额也需要转出，这部分金额应当计入“应交税费-应交增值税（进项税额转出）”账户。

以下是具体的会计分录：

```
借：待处理财产损溢
贷：原材料
贷：应交税费-应交增值税（进项税额转出）
```

这一分录体现了两个方面的内容：
- “待处理财产损溢”借方登记存货盘亏损失，待进一步查明原因后再进行相应处理。
- “应交税费-应交增值税（进项税额转出）”贷方登记因存货盘亏而不得抵扣的进项税额。

3. **注意点**：
- 在处理这类账务时，务必确保符合当前的税法和会计准则，以免产生税务风险。
- 在转出进项税额时，应确保计算准确，避免多转或少转。

通过以上解释，希望您能够对因管理不善导致的存货盘亏情况下，增值税进项税额的转出处理有一个清晰的认识。如果您在操作过程中遇到任何疑问，建议咨询专业的会计或税务顾问，以确保您的账务处理合规、准确。祝您工作顺利！