首先，我们需要理解汇率变动对跨境打款金额的影响。以下是针对您的问题的具体解答：

1. **折算后的入账金额**：

B公司按照收到款项当天的中间价汇率6.79将美元折算成人民币，那么B公司应该以折算后的金额入账。根据您的描述，我们可以计算如下：

- A打款金额：1000万元人民币
- 汇兑汇率：6.81
- 收款当天中间价汇率：6.79
- B公司实际收到美元金额：1000万元 / 6.81（汇兑汇率）= 1471.26万美元
- B公司按中间价折算后人民币金额：1471.26万美元 * 6.79（中间价汇率）= 约997.89万元人民币

因此，B公司应以997.89万元人民币的金额入账。

2. **汇率差额处理**：

由于汇率变动，B公司收到的人民币金额低于A公司注资的1000万人民币，这中间产生的差异需要处理。通常情况下，这种汇率差额的处理方式有以下几种：

- **市场风险承担**：由B公司自行承担汇率风险，即B公司账面损失2.11万元人民币。
- **合同约定**：如果A公司与B公司在合同中有明确汇率变动损失的承担方，则按照约定处理。
- **汇率锁定**：如果双方事先采取了汇率锁定措施，则按照事先约定的汇率进行兑换，避免汇率风险。
- **单独核算**：将汇率差额作为财务费用或汇兑损益单独核算，不影响正常的业务利润。

具体处理方式需根据B公司的财务政策及与A公司的合同约定来确定。

以下是符合SEO规则的回答内容格式：

**Description**:
B公司在跨境打款及汇率折算中，应以折算后的金额997.89万元人民币入账。汇率差额的处理需根据合同约定或公司财务政策来决定。

**Keywords**:
跨境打款，汇率折算，外币账户，汇率差额，账务处理

**正文**：

A给B打款1000万元人民币，按照6.81的汇率换算成美元后，B公司应以收到款项当天的中间价汇率6.79折算成本位币人民币记账。根据计算，B公司应以997.89万元人民币入账。汇率差额通常由合同约定、市场风险承担或单独核算等方式处理。希望以上解答对您有所帮助。如有其他疑问，请随时提问。