您好！关于一级建造师证件的保管问题，以下是根据相关法规和实际情况的详细解答：

一级建造师证件通常由以下几方进行保管：

1. 个人保管：一级建造师个人应当妥善保管自己的执业资格证书和相关印章。这是最直接的保管方式，确保证件不丢失、不被未经授权的人使用。

2. 用人单位保管：在实际工作中，一级建造师的证件可能会由其所在单位负责保管。这种情况通常发生在以下两种情况下：
- 企业为了方便管理和使用，在员工入职时会要求统一保管相关执业资格证书。
- 项目备案需要，企业可能会暂时保管一级建造师的证件，以便在工程项目中进行必要的登记和报备。

需要注意的是，即便企业负责保管，一级建造师也应当了解证件的使用情况，并确保不会被滥用。

关于项目备案的风险，如提问者关心的问题，以下几点需要注意：
- 项目备案意味着建造师与工程项目进行了关联，若工程出现质量问题，建造师可能需要承担相应的法律责任。
- 中介提到的“只要注册证，章归本人保管”的情况，可能是指注册证书由企业保管用于项目备案，而个人印章由一级建造师自己保管，以防止不恰当使用。

在保管证件时，以下建议供您参考：
- 保持与雇主的沟通，明确证件的使用范围和责任边界。
- 定期检查证件，确保其安全，防止丢失或损坏。
- 对于任何不确定的情况，及时咨询相关部门或法律专业人士。

希望以上解答能够帮助您完全理解一级建造师证件的保管问题，如有其他疑问，欢迎继续提问。祝您工作顺利！