从企业组织形态的发展历史来看，它主要经历了家庭手工劳动作坊、工厂作坊、简单的工厂制度、合股公司、企业集团、虚拟企业等多个阶段。自从电子商务产生以来，就以其独特的竞争优势带来了企业组织形态的巨大变革，使得传统的实体企业为适应竞争的需要不得不向电子商务组织演变，电子商务组织形态为了适应经济发展的需求，也不断地在发生变化和自我完善。至今，电子商务组织形态有三种：电子商务企业、企业电子商务和虚拟企业。
1 企业电子商务
企业电子商务是一种介于实体企业和虚拟企业之间，以计算机技术、通信技术和网络技术为支撑平台，将传统的生产、营销等数字化、网络化的组织形式。企业电子商务的组织要素包括活动、资源、制度以及目标。企业电子商务的活动要素指企业的电子商务活动，它具有虚拟性、实时性、公平性、全球性、低成本性及高效率性。资源要素始终占据着企业最重要的组成部分，可分为物质资源、信息资源或知识资源。在传统的实体企业中，物质资源是企业最重要的资源，而在企业电子商务中，信息资源特别是知识资源已独占鳌头，成为企业的核心资源。因此，企业电子商务要想真正发挥信息资源的价值，必须有效地开发、组织与利用信息资源。制度要素是管理体制的反映，也是管理体制的重要组成部分，它是企业电子商务系统正常运转、实现电子商务目标、完成电子商务计划的重要保障，由于企业电子商务活动的虚拟性和组织的分散性，使得制度规范显得更加重要。
2 电子商务企业
电子商务企业是提供公共交易信息服务、公共交易平台服务和公共应用系统服务的带有中介性质的组织。电子商务企业的收入来源主要有：交易服务费、广告费、社区会员费、深层次的信息服务费、应用系统运行平台租赁费、应用系统租赁费、应用系统实施咨询费等。电子商务企业的模式主要有：经纪模式（brokerage model）、广告模式（advertising model）、信息媒介模式（infomediary model）、销售商模式（merchant model）、制造商模式(manufacturer model)、合作模式(affiliate model)、社区模式(community model)、订阅模式(subscription model)、效用模式(utility model)。从这九种模式可以看出，电子商务企业的主要特征有：中介特征、虚拟特征、公平特征、有偿服务特征、知识性和情报性等。
3 虚拟企业
虚拟企业是指一些企业、顾客甚至同行业的竞争对手，以商业机遇中的项目、产品或服务为中心，利用计算机技术、网络技术和通信技术组合各方的核心资源和技术，以实现优势互补、利润共享和风险共担的网络化组织，又称为动态联盟。
虚拟企业的特征主要表现在：
①虚拟性。虚拟企业没有正式的企业名称，不具有独立的法人资格、没有固定的生产厂房、没有正式的企业员工，其成员企业分布于世界各地，他们是通过信息技术进行沟通和联系，以合同或契约规范日常的经济行为；
②实时反应性。虚拟企业超越了时间的限制，面对急剧变化的市场环境，
以商机为中心，迅速成立动态合作组织，并且其组织结构是扁平化的，使决策层贴近执行层，从而可以对环境做出快速响应；
③并行作业。虚拟企业超越了空间的限制，也不受生产链条的约束，并联作业，实现了最高形式的专业化分工；
④“明星组合”。虚拟企业的各成员企业都拥有独特的核心竞争力，并且只提供自己最专长的功能，从而形成优势互补的统一体，实现了强大的“明星组合”；
⑤组织结构扁平化。虚拟企业的成员是平等互补的，没有上下级的关系，因而其组织机构是高度扁平化的，呈现出“橄榄型”或“哑铃型”，所以虚拟企业对快速变化的市场环境，能迅速调整战略和战术决策，从而其适应能力很强；
⑥合作不持久。虚拟企业是一种动态的联盟关系，是基于商业机遇中的项目、产品或服务组合而成的，因而项目结束也标志着合作关系的停止，这也使得虚拟企业具有很强的灵活性。