您好，针对您的问题，以下是根据相关规范和经验总结出的答案：

1. 关于设备用房的防火分区设自喷为2000：

根据《建筑设计防火规范》（GB50016-2014）的要求，设备用房的防火分区面积应根据其功能、火灾危险性及疏散条件等因素确定。自喷系统作为一种自动灭火系统，其设置应根据防火分区的面积、高度和火灾危险性等因素综合考虑。一般情况下，设置自喷系统的防火分区面积可适当放宽，但不应超过2000平方米。因此，设备用房的防火分区设自喷为2000是符合规范要求的。

2. 汽车库地下一、二层设一个防火分区不合理：

原因如下：

（1）根据《建筑设计防火规范》（GB50016-2014）的规定，地下汽车库的防火分区面积应不大于2000平方米。地下一、二层设为一个防火分区，可能导致面积超过规范要求。

（2）地下一、二层作为一个防火分区，在火灾发生时，可能会影响疏散和救援工作。

（3）为了提高地下汽车库的安全性，建议地下一、二层分别设置防火分区，并采取相应的防火措施。

3. 地下三层应根据设备用房及汽车库占用的面积而定：

地下三层的防火分区设置应根据设备用房及汽车库的面积、功能、火灾危险性等因素综合考虑。如果设备用房和汽车库占用的面积较小，可以设置为一个防火分区；如果面积较大，应按照规范要求划分多个防火分区，并确保每个防火分区的面积不超过2000平方米。

总结：

在设置地下汽车库防火分区时，应遵循以下原则：

1. 根据建筑规范要求，合理确定防火分区面积。

2. 结合设备用房和汽车库的实际情况，合理划分防火分区。

3. 遵循安全、合理、经济的原则，确保防火分区的设置既能满足安全要求，又不过度增加投资成本。

希望以上解答能够帮助您解决问题，如有疑问，请随时提问。祝您工作顺利！