尊敬的提问者，您好：

在进行U形或山形建筑占地面积与防火分区建筑面积的比较时，若该建筑设置了自喷防火分区并且因此使得分区面积翻倍，我们应该遵循以下原则：

1. **比较基础**：首先，我们需要明确比较的基准。通常情况下，我们应该基于翻倍后的面积进行比较，因为这是实际发生的情况，更能反映出建筑的防火分区实际大小。

2. **规范依据**：根据我国《建筑设计防火规范》（GB50016-2014）的相关规定，当采用自动喷水灭火系统时，防火分区的面积可按规范要求进行扩大。因此，在计算防火分区建筑面积时，应考虑这种扩大效应。

3. **具体操作**：
- **翻倍前面积**：若比较的目的是为了理解或评估建筑原始设计的安全性，那么应以翻倍前的面积作为参考。
- **翻倍后面积**：若比较是为了实际应用，如计算防火分区对建筑功能的影响，或进行防火审查等，应以翻倍后的面积为依据。

4. **注意事项**：在进行面积比较时，还应注意以下事项：
- 是否所有防火分区的自喷系统设计均符合规范要求。
- 翻倍后的面积是否超过了规范允许的最大面积限制。

5. **结论**：简而言之，若要真实反映防火分区的实际效果，应使用翻倍后的面积进行比较。这不仅能确保计算的准确性，还能避免在防火安全评估时产生误导。

希望我的回答能够帮助您解决这个问题，如果还有其他疑问，请随时提问。祝您工作顺利！