您好！根据我国的相关建筑规范，对于民用建筑屋顶突出的辅助用房在计算建筑层数时，其处理方式需要依据具体规范来进行。

根据《建筑设计规范》（GB50096-2011）中的规定，建筑物的层数应按建筑物室外地面至主要屋面板板面或檐口的高度来计算。对于屋顶突出的辅助用房，如果其占屋面面积大于1/4，一般来说，这部分辅助用房是不计入建筑的标准层数计算的。

具体到您的问题，如果辅助用房的面积超过了屋面面积的1/4，它通常被视为特殊部分，并不直接计入建筑层数。但是否可以计入层数，还需参考以下几点：

1. 建筑设计时的具体用途：如果辅助用房具有独立的功能，并符合建筑使用要求，可能会被考虑在内。
2. 当地规划部门的具体规定：不同地区的规划部门可能会有不同的实施细则和解释。
3. 是否满足建筑防火、疏散等安全要求：如果满足，有些地方可能会在特定条件下计入层数。

因此，建议您在具体操作时，查阅当地的建筑规范和规划政策，或咨询专业的建筑师或规划部门，以获取最准确的答案。

总结：民用建筑屋顶辅助用房面积大于1/4时，一般情况下不计入标准层数，具体处理方式需参照当地建筑规范和政策。

希望我的回答能够帮助到您，如果有其他问题，也欢迎继续提问。祝您工作顺利！