首先，根据我国《建筑设计防火规范》（GB50016）的相关规定，仓库内设置自动灭火系统时，确实可以对某些类型的仓库在占地面积和防火分区面积上有所放宽。

对于您提到的“每座仓库的最大允许占地面积和每个防火分区的最大允许面积可增加一倍”的规定，这主要适用于乙、丙类仓库。具体来说，在设置了自动灭火系统的情况下，乙、丙类仓库的占地面积和防火分区面积可以在规定的基础上增加一倍。

至于甲类仓库，根据《建筑设计防火规范》的规定，甲类仓库的防火要求相对更为严格。设置自动灭火系统后，甲类仓库的占地面积和防火分区面积并不会有增加一倍的规定。

综上所述，对于您的疑问：仓库内设置自动灭火系统时，除冷库的防火分区外，每座仓库的最大允许占地面积和每个防火分区的最大允许面积可增加一倍的规定，并不适用于甲类仓库。

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