首先，根据中国的《建筑设计防火规范》和《安全生产法》的相关规定，厂房内的布局和储存条件需要严格遵守安全生产的标准。以下是针对您的问题的详细回答：

1. 丙类厂房内设置中间仓库储存甲类物品：
- 根据规范，丙类厂房通常指的是火灾危险性较小的厂房，而甲类物品指的是易燃液体、易燃固体等火灾危险性较大的物品。在丙类厂房内设置中间仓库储存甲类物品，从安全角度出发，这是不推荐的。
- 若确实需要在丙类厂房内设置中间仓库，应严格按照《建筑设计防火规范》的要求，对甲类物品的储存量、储存方式、安全距离等进行严格控制，并且需要增设相应的消防设施和应急预案。

2. 厂房内有喷漆工段：
- 喷漆工段属于甲类火灾危险区域，因为喷漆过程中使用的油漆等材料具有易燃易爆的特性。
- 喷漆工段应当与其他区域，特别是储存甲类物品的中间仓库保持足够的安全距离，并采取有效的隔离措施。
- 同时，喷漆区需要配备完善的通风、防爆、消防等安全设施。

综合影响：
- 将甲类物品仓库设置在丙类厂房内，尤其是与喷漆工段共存，会显著增加火灾和爆炸的风险。
- 这种布局可能会导致厂房的整体火灾危险性升级，从而需要采取更多的安全措施，如提高厂房的防火等级、增加消防设施等。
- 长期来看，这种布局可能影响生产效率，增加安全生产管理难度和成本。

建议：
- 尽量避免在丙类厂房内设置甲类物品中间仓库，特别是在有喷漆工段的情况下。
- 如果不可避免，应进行专业的安全评估，确保符合所有相关的安全生产法律法规和标准。
- 定期对员工进行安全生产培训，确保他们了解火灾应急措施和操作规程。

请您在处理这类问题时务必重视安全生产，符合法律法规，确保人员和设施的安全。希望我的回答能够帮助到您。如果还有其他疑问，欢迎继续咨询。