首先，丙类多层厂房内的甲类中间仓库的设置需要遵循国家相关的建筑设计规范以及安全生产的相关要求。以下是对该问题的解答：

1. 设置位置的选择：

根据建筑设计规范和安全生产的要求，甲类中间仓库的设置位置应当考虑以下因素：

- 安全疏散：仓库应设置在便于疏散的地方，首层通常比顶层更易于疏散。
- 火灾防控：首层靠外墙设置仓库可以更容易地实现防火隔离，降低火灾蔓延的风险。
- 物流运输：首层便于货物的进出，对于频繁装卸的仓库来说，首层可能是更好的选择。

2. 首层靠外墙设置：

- 优点：便于货物进出，有利于消防疏散，对外墙的依赖较小，有利于建筑结构的稳定。
- 缺点：可能会影响首层的其他功能布局。

3. 顶层靠外设置：

- 优点：不影响首层的功能布局，可能有利于建筑物的结构设计。
- 缺点：疏散相对困难，对顶层结构承重要求高，且火灾防控可能更为复杂。

综合以上因素：

建议：在确保满足安全生产和建筑设计规范的前提下，甲类中间仓库优先考虑设置在首层靠外墙的位置。这样可以更好地平衡安全、物流和建筑结构的综合考虑。

请注意，具体设置还需结合实际建筑的具体情况和相关政府部门的规定，建议在进行具体设计前咨询专业建筑师和安全生产监管部门。

希望以上回答能够帮助到您，如有其他问题，欢迎继续提问。祝您工作顺利！