尊敬的老师，您好！针对您的问题，我进行了以下检索和研究：

1. 根据《建筑设计防火规范》（GB50016-2014）的规定，二类高层建筑的地下室与楼上部分，在一定条件下需要设置安全门。具体来说，如果地下室与楼上部分存在人员密集场所、易燃易爆物品存放场所等，应当设置安全门。

2. 关于地下室层高及面积的考虑，以下是一些建议：
- 层高：地下室的层高应满足消防、通风、排水等设施设备的要求，同时应考虑人员的舒适度。一般来说，地下室层高不宜低于2.8米。
- 面积：地下室面积应根据建筑功能、人员密度等因素进行合理规划。同时，应确保地下室出口、通道等宽度符合消防规定。

综合以上信息，回答您的问题：

1. 二类高层建筑地下室与楼上部分是否必须设置安全门？
在地下室与楼上部分存在人员密集场所、易燃易爆物品存放场所等情况下，需要设置安全门。

2. 是否考虑地下室层高及面积？
是的，地下室层高及面积需要根据消防、通风、排水等要求进行合理规划。

希望以上回答能够帮助到您，如有其他疑问，请随时提问。祝您工作顺利！