您好！关于您提出的问题，这里提供一个详细的解答。

根据中国现行的《建筑设计防火规范》（GB50016-2014）以及相关的安全生产法律法规，厂房的分类主要是根据其生产过程中使用物质的火灾危险性和爆炸危险性来划分的。一般分为甲、乙、丙、丁四类，其中甲类危险性最高。

对于您的问题，如果一个乙类生产厂房内存放的甲类物品面积超过整个厂房面积的5%，那么按照以下原则进行判定：

1. 如果甲类物品是临时存放，并且采取了有效的隔离、防火措施，确保了安全生产，那么厂房的类别仍然是乙类。

2. 如果甲类物品是长期存放，或者虽为临时存放但未采取相应的安全措施，那么存放区域需要按照甲类厂房的标准进行管理。此时，整个厂房是否需要重新划分为甲类，需要根据以下几个因素综合考虑：
- 甲类物品存放的总量和面积比例
- 甲类物品与其他物品的隔离情况
- 厂房的安全设施是否符合甲类厂房的要求

综上所述，如果仅仅是存放面积超过5%，并不能直接判定厂房类别变为甲类。关键在于甲类物品的存放是否是长期、是否采取了必要的安全措施以及是否符合甲类厂房的安全要求。

希望这个回答能够解决您的疑惑，如有其他问题，欢迎继续咨询。祝您工作愉快！