地下室全部设置自动灭火系统时，关于防火分区的面积，需要按照国家相关防火规范进行设计。根据《建筑设计防火规范》GB50016-2014，以下是详细解答：

1. **防火分区的概念**：
防火分区是指为防止火势蔓延，在建筑物内采取的分区措施。每个防火分区应具备一定的独立性，以降低火灾发生时的损失。

2. **自动灭火系统对防火分区面积的影响**：
当地下室设置有自动灭火系统时，可以根据系统的类型和效能，对防火分区的面积进行一定的调整。一般而言，自动灭火系统的设置可以提高防火分区面积的限制。

3. **具体规定**：
- 对于设置有自动喷水灭火系统的地下室，其防火分区面积可以达到最大3000平方米，但需满足系统和分区的设计符合规范要求。
- 如果采用的是气体灭火系统，其防火分区面积的限制可以根据系统的设计和灭火效能进行适当放宽，但具体数值需要结合具体设计规范和消防部门的批准。

4. **注意事项**：
- 防火分区的划分和面积设置需遵循国家消防技术标准，不能随意更改。
- 自动灭火系统的设计和安装应确保能在火灾发生初期及时有效地进行灭火。
- 需要定期对自动灭火系统进行检查和维护，确保其处于良好的工作状态。

综上所述，地下室设置自动灭火系统后，防火分区面积的设定需要综合考虑系统类型、效能以及国家相关防火规范，并且要在专业人员的指导下进行设计和实施。

请您在操作时务必遵循上述规定，确保防火安全。如果有其他具体问题，也欢迎继续提问，我会尽力提供帮助。