消防工程师证书的注册管理主要由以下部分负责：

1. 国家级管理部门：人力资源和社会保障部、公安部等相关部门负责制定消防工程师考试和注册管理的政策规定。

2. 省级消防救援机构：根据《注册消防工程师管理规定》，取得一级注册消防工程师资格证书的人员需在所在省份的消防救援机构进行注册。这是消防工程师证书生效的关键步骤。

注册流程如下：

1. 考生通过国家一级注册消防工程师资格考试，取得一级注册消防工程师资格证书。

2. 考生需在取得资格证书后，向所在省份的消防救援机构提交注册申请。

3. 省级消防救援机构对申请材料进行审核，审核通过后，为申请人颁发注册证书。

4. 注册成功后，消防工程师方可以相应级别注册消防工程师的名义执业。

请注意，未经注册，不得以注册消防工程师的名义开展执业活动。

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