首先，根据中国法律规定，店铺在进行装修时，必须向消防部门申报，并按照消防要求进行设计和施工。如果未经申报擅自进行装修，消防部门有权要求整改，并依法进行罚款。

针对您的问题，以下是详细的解答：

1. 合法性：消防部门要求店铺在整改期内罚款三千元是合法的。根据《中华人民共和国消防法》第五十六条规定，未经消防安全检查或者经检查不符合消防安全要求的，由公安机关消防机构责令停止施工、使用，处三万元以下罚款。

2. 整改措施：
a. 立即停止装修施工，并向消防部门申报装修方案，等待审批。
b. 根据消防部门的要求，对已装修部分进行整改，确保符合消防安全要求。
c. 整改完成后，再次向消防部门申请验收，待验收合格后方可继续施工或使用。

请您按照上述步骤进行整改，确保店铺的消防安全。如有疑问，您可以向消防部门咨询，他们会提供专业的指导。

在此过程中，请您保持积极配合的态度，遵守法律法规，以确保店铺的正常运营和顾客的安全。祝您早日完成整改，顺利解决问题。