一、角度不同
企业投资项目可行性研究报告是从企业角度进行的研究，因此侧重于从微观的角度、企业内部的角度进行的技术经济论证。项目申请报告是从公共利益的代言人政府的角度进行的论证，因此是从宏观的角度，外部性的角度所进行的经济、社会、资源、环境等综合论证。
二、目的不同
可行性研究报告的目的是要论证投资项目的可行性，包括市场前景可行性、技术方案可行性、财务可行性、融资方案可行性等等；项目申请报告不是对项目可行性所进行的研究，而是在企业认为从企业自身角度看项目已经可行的情况，回答政府关注的涉及公共利益的有关问题，目的是为了获得政府投资管理部门的行政许可。三时序不同可行性研究报告与项目申请报告是两个不同性质的文件，项目申请报告不是在可
行性研究报告
基础上的简单补充，也不是可行性研究报告的替代物。对于一个理性的企业投资主体，在进行项目投资决策之前，无论政府主管部门是否要求，都应该首先从企业自身角度进行详细的可行性研究报告，以论证项目是否可行，是否符合企业整体发展战略规划的要求，是否能够满足股东投资回报的要求。项目获得企业内部决策机构董事会批准后，应在此基础上编写项目申请报告，申请政府部门的行政许可。因此，可行性研究报告的编写一般应先于项目申请报告。但并非绝对如此。比如企业对该项目的可行性已经有足够把握，就没有必要编写基于企业自身需要的可行性研究报告，可以直接进入设计招标等环节，并按政府要求编写项目申请报告，履行相应行政许可程序。或者如果编写完整的可行性研究报告需要很多投入资金（大型复杂项目可能需要上亿元投入），为了规避政府不予核准的风险，也可以有选择地开展某些方面的前期研究，为编制项目申请报告提供依据，回答政府关心的问题。在项目确有把握获得核准后，再从企业的角度进行全面系统的可行性研究。当然，类似情况如何处理，应该是企业内部事务。
四、内容不同
企业投资项目可行性研究报告应对市场预测、厂址选择、工程技术方案论证、设备选型、投资估算、财务分析、企业投资风险分析等方面进行研究，回答企业自身所关心的问题。项目申请报告是从维护国家经济和产业安全、合理开发利用资源、保护生态环境、优化重大布局、保障公众利益、防止出现垄断等方面进行论证，回答政府所关心的问题。
五、法律效力不同
可行性研究报告用于企业内部的投资决策，对企业内部股东及董事会负责，遵循企业内部管理规定及公司法人治理结构的约束。项目申请报告的编写和报送具有政府行政的强制力约束，是企业在进行项目投资建设活动中必须履行的社会义务，受国家有关法律法规的制约，如行政许可法及国家行政主管部门有关项目投资管理规定的约束。
从以上五点可以看出企业可行性研究报告与项目申请报告是两个完全不同性质、不同内容的报告，他们从作用也都无法起到对等的作用。而且也有一个先后顺序。