(1)隶属于财会部门：这是最原始最基础的设置方式，因而无论从层次、地位和独立性来讲都是较差的。这种内审机构只是开展部分日常性的审计工作，不能直接为经营决策者服务，故不能很好地实现审计的根本目的。
(2)隶属于纪委或监察室：纪委是党的办事机构，而监察室属于行政监察机构。因此，将内部审计机构隶属于纪委或监察室，容易造成党政不分，政企不分，从而使得内部审计身份职能不明确，因而这种设置方式不利于内部审计职能的发挥。
(3)隶属于总经理：这种企业内部审计组织机构模式是由西方国家发起的，目前，我们国家也在借鉴。内部审计工作隶属于总经理，使内部审计接近经营管理层，这确实有利于为经营决策服务，同时这种设置方式还能够使内部审计机构与财会等部门相对独立。但是这种设置不利于内审机构对总经理的责任，业绩等进行独立的评价和监督。因此内部审计机构的这种设置方式未能使内审的地位达到应有的高度，不能完全保证内审职能的正常履行。
(4)设在董事会：这种组织形式也是在西方国家企业内部审计组织机构模式中常见的设置形式之一，董事会是公司的经营决策机构，它直接对股东大会负责。将内部审计组织机构设在董事会，有利于保持内部审计较强的独立性和较高的地位，同时也使内部审计具有一定的灵活性，既便于其为委托人服务，又便于其对经营管理层加强管理，提高服务效益。但不足之处在于，凡事都要通过董事会集体讨论决定，这将降低内审工作的效率，不便于内审工作的正常履行。