1，独立性不同。
内部审计强调内部审计机构和审计人员与被审计部门之间的独立性，不强调审计机构和审计人员与领导人之间的独立性。因此内部审计本质上是单向独立的。
内部审计是“外部审计”的对应称法，即：由部门、单位内部设置的专职机构及人员，独立地对本部门、本单位的财政财务收支及有关经济活动进行审查，用以健全内部控制，维护财经纪律，改善经营管理，提高经济效益的综合经济监督活动。内部审计在中国审计组织体系中，起着以国家审计为主导，以内部审计为基础的重要作用，支撑着企业的审计工作。内部审计的本质在于，作为企业指挥者管理机能的一部分，对企业管理手段妥善与否、有无弊漏和是否经济有效，进行经常性的检查、分析和评价。内部审计的主要缺陷和特点是，由于在本单位领导下进行内部审计活动，其独立性表现稍弱;但具有及时性、连续性、针对性、预防性等特点。
2，两者的审计目标不同。
民间审计（注册会计师审计）目标是财报的合法性、公允性作出评价，而内审的目的是评价和改善风险管理、控制和公司治理流程的有效性，帮助企业实现其目标。
3，由于审计目标不同，故两者关注的重点领域也不同。
即便是两者最大的相同点财报，注会与内审的关注的重点不同。民间审计（注册会计师审计）主要侧重点是会计信息的质量和合规性，也就是财报的合法性、公允性作出评价。而内部审计主要侧重点是合有效性、经济性、合规性。
4，业务范围不同。
注册会计师审计主要是财报审计，以财报审计拓展到代编财务信息，执行商定程序、财务咨询等活动。而内部审计是以企业财务活动为基础，拓展到以管理领域为主的一种审计活动。
现在市面上的一些内部审计的书主要讲的不是财务审计方面的内容，主要是避免与民间审计（注册会计师审计）重复和有的内部审计专家的错误观念导至，但是索耶在期著作中明确告诫“在热衷于这些审计所产生的有利影响时，绝不能走得太远，决不能乎视基本的财务审计和经济业务审计”。
5，审计标准不同。
内部审计的标准是公认的方针和程序，民间审计（注册会计师审计）是会计准则和相关法律法规。
6，专业胜任能力要求不同。
内部审计要求具备一定的管理知识水平，由于内部审计的目标是帮助企业实现其目的，改善机构动作并增加价值，故要求内部审计人员具备一定的管理知识与水平。