最初的政府审计是随着国家管理事务中经济责任关系的形成，为了促使经济责任的严格履行而诞生的。现代意义上的政府审计是近代民主政治发展的产物。按照民主政治的原则，人民有权对国家事务和人民财产的管理进行监督。因此，各级政府机构和官员在受托管理全民所有的公共资金和资源的同时，还要受到严格的经济责任制度的约束。这种约束方式就表现为政府审计机构对受托管理者的经济责任进行监督。因此，政府审计担负的是全民财产的审计责任。
注册会计师审计是商品经济发展到一定阶段的必然产物，也是商品经济条件下社会经济监督机制的主要表现形式。由于所有权与经营权的分离，以及债权人对自身权益的关心，必然产生对投资运用或债务收回前景的密切关注。这种关注即依赖于注册会计师的审计结果。因此，相对于审计客体而言，政府审计和注册会计师审计都是外部审计，都具有较强的独立性。从我国来看，两者在许多方面存在区别：
1．两者的审计目标不同。政府审计是对被审计单位的财政收支或者财务收支的真实、合法和效益依法进行的审计；注册会计师审计是注册会计师对财务报表是否按照适用的会计准则和相关会计制度的规定编制进行的审计。
2．两者的审计标准不同。政府审计是审计机关依据《中华人民共和国审计法》和国家审计准则等进行的审计；注册会计师审计是注册会计师依据《中华人民共和国注册会计师法》和中国注册会计师审计准则进行的审计。
3．两者的经费或收入来源不同。政府审计履行职责所必需的经费，应当列入财政预算，由本级人民政府予以保证。注册会计师的审计收入来源于审计客户，由注册会计师和审计客户协商确定。
4．两者的取证权限不同。审计机关有权就审计事项的有关问题向有关单位和个人进行调查，并取得有关证明材料，有关单位和个人应当支持、协助审计机关工作，如实向审计机关反映情况，提供相关证明材料；注册会计师在获取证据时很大程度上有赖于被审计单位及相关单位的配合和协助，对被审计单位及相关单位没有行政强制力。
5．两者对发现问题的处理方式不同。审计机关审定审计报告，对审计事项做出评价，出具审计意见书；对违规国家的财政收支、财务收支行为，需要依法给予处理、处罚的，在法定职权范围内做出审计决定或者向有关主管机关提出处理、处罚意见。注册会计师对审计过程中发现需要调整和披露的事项只能提请被审计单位调整和披露，没有行政强制力，如果被审计单位拒绝调整和披露，注册会计师视情况出具保留意见或否定意见的审计报告。如果审计范围受到被审计单位或客观环境的限制，注册会计师视情况出具保留意见或无法表示意见的审计报告。