内部审计组织机构一共有五种设置模式。内部审计组织机构设置模式分别是董事会下设审计委员会，在行政系统——经营管理系统设置审计机构、设在董事会、设在监事会、隶属于总经理、隶属于财会部门这五种设置模式，其五种设置模式的特点和利弊如下：
①内部审计组织机构设置模式：在行政系统——经营管理系统设置审计机构。该机构是内部审计组织机构中最高层次、地位和独立性的内部审计组织机构设置模式，其有利于审计人员独立开展工作。
②内部审计组织机构设置模式：设在董事会。设在董事会是内部审计组织机构中很高层次、地位和独立的内部审计组织机构设置模式，地位仅次于在行政系统——经营管理系统设置审计机构。设在董事会的内部审计机构不足之处表现在董事会是集体讨论制，凡事都通过董事会集体讨论决定，正常的审计工作就很难进行。
③内部审计组织机构设置模式：设在监事会。设在监事会是内部审计组织机构中较高层次、地位和独立的内部审计组织机构设置模式。内部审计机构设在监事会下，利弊表现在实际中往往会将二者的工作混为一谈或顾此失彼从而削弱彼此应有的作用。
④内部审计组织机构设置模式：隶属于总经理。隶属于总经理的内部审计组织机构中层次、地位和独立稍差的内部审计组织机构设置模式。隶属于总经理的内部审计组织机构表现利弊主要是，其有利于对企业直接的生产经营活动进行审计，但不利于对企业高层次决策及经济行为进行监督，审计范围相对窄小，审计工作受到一定限制。
⑤内部审计组织机构设置模式：隶属于财会部门。隶属于财会部门是内部审计组织机构中较差或者较低层次、地位和独立的内部审计组织机构设置模式。隶属于财会部门的内部审计组织机构只能开展部分日常性的审计工作，不能直接为经营决策者服务，不能很好地实现审计的根本目的，这是隶属于财会部门内部审计组织机构的利弊。