首先，恭喜你通过了今年的临床助理医师考试！明年年初注册证书时，需要准备以下材料：

1. 医师资格证书原件及复印件；
2. 身份证原件及复印件；
3. 医师执业注册申请表（可在当地卫生行政部门领取）；
4. 近期二寸免冠彩色照片若干张；
5. 医疗机构出具的聘用合同或者劳动合同原件及复印件；
6. 医疗机构执业许可证副本复印件；
7. 医师培训证明或者进修证明（如有）。

以下是注册流程：

1. 凭医师资格证书到当地卫生行政部门领取《医师执业注册申请表》；
2. 填写申请表，并贴上近期二寸免冠彩色照片；
3. 准备好上述所需材料，前往当地卫生行政部门提交申请；
4. 卫生行政部门对申请材料进行审核，审核通过后，颁发《医师执业证书》；
5. 持有《医师执业证书》到医疗机构办理入职手续。

请注意，不同地区的具体要求可能略有差异，建议提前向当地卫生行政部门咨询清楚。在准备和提交材料的过程中，要保持耐心，确保所有材料齐全、准确，以免影响注册进度。

希望以上回答对你有所帮助，祝你注册顺利！如有其他问题，欢迎随时提问。