1、报考方式不同
两种方式本质的区别是上课方式不同，考生报考时主要参考国家的招生政策和院校的招生简章。在职人员攻读硕士专业学位全国联考取消后，相关工作纳入全国硕士研究生统一考试招生。

因原有全国硕士研究生统一入学考试即允许在职人员报考，也存在全日制和非全日制两种学习方式，纳入后只须在录取时明确全日制或非全日制两种学习方式，其他不做任何变化。

2、投入机制不同
非全日制一般是不能享受院校的补助和奖学金计划的，而全日制可以。《财政部 国家发展改革委 教育部关于完善研究生投入机制的意见》(财教〔2013〕19 号)已明确对研究生拨款、奖助、收费等按全日制和非全日制进行管理。
统一规范后，全日制和非全日制研究生从计划安排即可区分开，研究生收费、拨款、奖助工作更规范，也便于监督管理。
3、时间效力不同
2016年11月30日前录取的研究生按原有规定执行；2016年12月1日后录取的研究生按全日制和非全日制形式区分。
4、含义不同：
全日制研究生是指符合国家研究生招生规定，通过研究生入学考试或者国家承认的其他入学方式，被具有实施研究生教育资格的高等学校或其他教育机构录取，在基本修业年限或者学校规定年限内，全脱产在校学习的研究生。
非全日制研究生指符合国家研究生招生规定，通过研究生入学考试或者国家承认的其他入学方式，被具有实施研究生教育资格的高等学校或其他教育机构录取，在学校规定的修业年限内，在从事其他职业或者社会实践的同时，采取多种方式和灵活时间安排进行非脱产学习的研究生。
5、毕业证书有所不同：
非全日制和全日制研究生毕业时，按照国家有关规定发给相应的、注明学习方式的毕业证书。也就是说选择非全日制研究生学习，毕业所获得的毕业证书标有“非全日制”字样。