文书档案整理与编目方法如下：
档案整理的基本方法有两种：
1、以案卷为单位整理。以案卷为单位整理就是立卷，即按照文件材料在形成和处理过程中的联系将其组合成案卷。所谓案卷，就是一组有密切联系的文件的组合体。立卷是一个分类、组合、编目的过程。分类即按照立档单位的档案分类方案，对文件材料进行实体分类；组合即将经过分类的文件材料，按一定形式组合起来；编目即将经过组合以后的文件材料，进行系统排列和编目。以案卷为单位整理的档案，其基本保管单位是案卷。
2、以件为单位整理。以件为单位整理就是按照文件材料形成和处理的基本单位进行整理。一般来讲，一份文书材料、一张图纸或照片、一盘录音带或录像带、一本表册或证书、一面锦旗、一个奖杯等均为一件。文书材料的正本与定稿作为一件，转发件与被转发件为一件，正件与附件作为一件，原件与复制件作为一件，来文与复文可为一件。以件为单位整理的档案，其基本保管单位是件。
二、文书材料的整理
文书材料是指立档单位在党群工作、行政管理和业务管理活动中形成的、以文字和纸质为主要信息记录方式的文件材料。
（一）以案卷为单位整理
以案卷为单位整理文书材料时应当符合《文书档案案卷格式》（GB/T9105-88）的规定。
1、分类
按照立档单位的档案分类方案，在文书部门和业务部门做好平时文书材料收集、分类工作的基础上，将属于归档范围的文书材料按以下特征逐项分开：
（1）分年度：将文书材料按其形成或针对的年度分开。
（2）分保管期限：根据国家有关规定和立档单位制定的档案保管期限表，将文书材料按不同的保管期限分开。
（3）分内容（1、分类别：将文件材料按立档单位档案分类方案中确定的一级类目和二级类目分开。2、分问题：将文书材料按其内容所反映的问题再详细分开。
2、 组合（卷）
组合的基本要求：以问题为主，兼顾其它特征，使文书材料之间的联系紧密，分级适当，问题单一，类型鲜明，年度不混，保管期限准确。

3、 编目
（1）卷内文书材料排列
卷内文书材料排列前，要对破损、字迹扩散或纸张太小的文件进行修裱、复制或加边，对大小不一、长短不齐的文件要折叠理齐。
排列时，一般结合文书材料的形成时间、重要程度和彼此联系进行排列。排列时，批复在前，请示在后；正件在前，附件在后；正本在前，定稿在后；案件材料（诉讼档案除外）中结论性材料在前，依据性材料在后。
（2）编页号与盖档号章
卷内文书材料排列完毕后，要在文书材料中有字迹和图表的页面，一页编一个号，即页号。页号的位置，正面在右上角，反面在左上角。
整卷装订的案卷，如果文书材料与卷盒或者卷皮没有装订在一起，应在第一份文书材料首页的右上方，加盖档号章。档号章的式样如图1所示；单份装订的案卷，应在卷内每份文书材料首页的右上方加盖档号章。档号章的式样如图2所示。填写方法是：
全宗号：档案馆给立档单位编制的代号。
目录号：对每一本案卷目录的编号。
案卷号：对每一个案卷所的编号。
件号：对案卷中每一份文书材料的编号。