最主要区别两个证的目的不一样：会计从业资格证是从事会计资格证书，会计初级职称是水平考试，考过了说明具有初级会计师水平。
下面详细分析：
（1）会计从业资格证书是具有一定会计专业知识和技能的人员从事会计工作的资格证书，是从事会计工作必须具备的基本最低要求和前提条件，是证明能够从事会计工作的唯一合法凭证，是进入会计岗位的"准入证"，是从事会计工作的必经之路，它是一种资格证书，是会计工作的"上岗证"，不分级。
（2）会计初级职称考试，又称初级会计职称考试、助理会计师考试，是全国统一组织、统一考试时间、统一命题、统一合格标准的考试，对考试合格者颁发人事部统一印制，人事部、财政部用印的《会计专业技术资格证书》，该证书在全国范围内有效。该考试所涉及的知识基础、实用，是出纳、会计助理、会计等初级财务人员的必备知识。