个人观点 这两个学校不在一个等级上
南开综合排名在10名左右，数学化学经济学响当当的全国第一，
我是经院的，只能提供你我比较熟悉信息。不知道你具体问什么专业。
国际会计专业属于商学院，很适合外语好的人去学，能学到不少实用的东西。但是商学院好像是大一结束通过考试再分专业的。这个专业特别热门。此外，会计学、工商管理什么的是商学院的.就业率也超高, 且据说平均年薪比经院高不少.（知道上其他的帖子可以参考：
，我师兄告诉我，对于南开商院优秀本科生和研究生，“四大”是保底的工作）
经济学系属于经济学院，主要以理论研究为主,全国最早的经济指数就是经济学系发布的。南开是中国最早引进西方经济学的,经济学院的国家重点学科一大把. 按照教育部的专业排名，南开的经济类专业是No.1。
经济学专业(全国No1,保研率在30%以上)、金融学专业(金领专业)、风险管理与保险学专业(精算方向全国No1)、金融工程专业(在深圳,金领专业)、国际经济与贸易专业(大牌老师一堆)、财政学专业(考公务员的主力专业)是经济学院的, 经济学院还有一个经管法专业, 我那时是入学以后再选的, 要语数英全部130分以上才有资格考, 学习经济/管理/法律三个专业, 毕业时按照自己的选择拿两个学位一个辅修. 此外,经院每年都有不少去美国好几所学校交换的机会名额.总体就业率每年都在90%以上.
但是经院商院都是超级好就业的专业,并不算南开出国的王牌. 想出国最好考数学学院的金融数学, 那个专业可是全世界没有拿不到的offer, 成绩好一点就没有申请不到的奖学金. 你可以自己查一下南开的数学的国际地位:-P 中国国际数学研究中心就在南开(听说北大后来也建了一个).
这个专业学起来据说蛮辛苦的, 不过你要是一心想出国, 这绝对是个好选择.
选专业甚至比高考更重要, 祝你能选到自己喜欢的,一切顺利.