您好！对于您目前的情况，这里有一些建议供您参考：

1. **确认用途**：首先，可以礼貌地向单位询问他们保留这些证件复印件的具体用途。通常，单位需要这些信息来进行背景调查或资格验证。

2. **个人信息保护**：由于毕业证、身份证以及二级建造师证都是含有个人敏感信息的重要文件，您有权要求单位对您的个人信息进行保密处理，并且在使用完毕后归还或销毁复印件。

3. **协议签订**：在签订正式协议之前，任何形式的劳动合作都应该谨慎对待。确保协议中包含了关于个人信息保护以及证件使用的相关条款。

- **建议**：在协议中明确以下内容：
- 证件复印件的用途
- 证件复印件的保管责任
- 使用完毕后复印件的处理方式
- 保密义务和违约责任

4. **维权意识**：
- 如果单位长时间不签订协议，也不归还证件复印件，您有权要求返还。
- 如果单位拒绝配合，您可以考虑通过法律途径解决，如联系劳动监察大队或寻求法律援助。

5. **备份措施**：为防止复印件被不恰当使用，您可以对所有的证件进行扫描备份，并保存电子版在安全的地方。

以下是您回答问题的格式：

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**问题描述**：
我找了一家单位兼职，这家单位把我的毕业证、身份证复印件和二级建造师证都拿走了，但是现在协议还没签。

**回答**：
在协议尚未签订的情况下，您的证件复印件被单位保管，这是比较常见的做法，但为了确保个人信息安全，您可以采取以下措施：
- **确认用途**：询问单位保留复印件的目的。
- **保护个人信息**：要求单位签订保密协议或在合作协议中包含相关保密条款。
- **维权准备**：如果遇到不合作情况，保留沟通证据，必要时可寻求法律帮助。

请记得，在任何情况下保护自己的个人信息都是非常重要的，合理的权益维护也是每位劳动者的基本权利。
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希望这些建议能帮助到您，如果还有其他问题，欢迎继续咨询。祝您工作顺利！