您好！关于市政专业的二级建造师是否能在建筑公司注册的问题，答案是肯定的。根据我国相关法律法规，二级建造师可以在建筑公司注册，但需要满足以下条件和遵循一定的流程：

1. 资质要求：二级建造师必须具备相应的学历、专业和工作经验要求。市政专业二级建造师通常需要具备以下条件：
- 学历：大专及以上学历；
- 专业：市政工程或相关专业；
- 工作经验：从事建筑施工管理相关工作满2年。

2. 注册流程：
a. 准备材料：包括身份证、学历证书、职称证书、工作经验证明等相关证件；
b. 在当地建设行政主管部门进行网上申报；
c. 参加二级建造师考试，并取得合格证书；
d. 将合格证书及其他相关材料提交给建筑公司；
e. 建筑公司为二级建造师办理注册手续，包括签订劳动合同、购买社会保险等；
f. 注册成功后，二级建造师可以在建筑公司从事相应的施工管理工作。

3. 注意事项：
- 二级建造师注册有效期为3年，到期后需重新办理注册；
- 注册期间，二级建造师应严格遵守职业道德和行业规范，不得从事与注册范围不符的工作；
- 如有违反规定，将受到相应的处罚，包括注销注册资格等。

希望以上解答对您有所帮助，如有其他问题，请随时提问。祝您工作顺利！