您好！针对您的问题，我进行了以下检索和总结：

1. 关于考试科目：如果您已经考取了土建二级建造师证书，再报考市政二级建造师时，部分科目可以免考。通常情况下，您只需参加《市政公用工程管理与实务》这一科目的考试即可。

但请注意，具体免考政策可能会因地区和时间而有所不同，建议您查阅当地相关部门发布的最新规定。

2. 关于证书注册：土建二级建造师和市政二级建造师是两个不同的专业，因此，这两个证书可以分开注册。您可以根据实际工作需要，选择将其中一个或两个证书注册在不同的单位。

以下是详细的回答：

1. 考试科目：在您已经取得土建二级建造师证书的情况下，报考市政二级建造师通常只需参加一科考试，即《市政公用工程管理与实务》。

2. 证书注册：两个证书可以分开注册，您可以根据自己的需求，选择注册在同一个单位或不同单位。

请您在办理相关事宜时，务必关注当地相关部门的最新政策，以确保信息的准确性。希望我的回答能对您有所帮助，如有其他问题，请随时提问。祝您工作顺利！