首先，恭喜您已经通过了二级建造师考试中的两门科目。关于您咨询的转档案至上海以便在新公司完成剩余一门考试的问题，以下是需要遵循的步骤：

1. 档案转移：
- 您需要联系原在江苏报考所在地的二级建造师考试办公室，了解具体的档案转移流程。
- 根据规定，您可能需要提交一份书面申请，并携带相关证明材料，包括身份证、已通过考试科目的证明等。

2. 上海考试报名：
- 同时，您应该咨询上海市的二级建造师考试办公室，了解在上海报考的条件和流程。
- 由于您已经通过了两门考试，通常情况下，您只需将原考试成绩证明提交给上海当地的考试办公室，并完成剩余一门科目的报名。

3. 所需材料：
- 准备以下材料以便办理转移和报名手续：身份证原件及复印件、原考试成绩证明、劳动合同（新公司）、社保证明等。
- 注意，不同地区可能有细微差别，请以当地考试办公室的要求为准。

4. 注意时间节点：
- 留意上海的报考截止时间，确保在规定时间内完成所有报名手续。
- 有些资料可能需要时间来办理，建议您尽早启动这一过程。

5. 新公司协助：
- 若有可能，请新公司的人力资源部门协助您了解相关政策，并提供必要的支持。

请您按照以上步骤进行操作，希望您能顺利完成档案转移并在上海成功报考剩余的科目。如果有任何疑问，随时与当地考试办公室联系，他们会提供最准确的指导。

祝您工作顺利，考试成功！