首先，关于二级建造师注册和助工证转移的问题，需要明确的是，这两者是有关联但不完全一致的。以下是针对您的问题给出的详细解答：

1. 二级建造师注册：
二级建造师在注册到深圳市某公司时，其注册资格是与个人绑定的，但具体的工作单位会显示在注册证书上。

2. 助工证转移：
助工证（助理工程师证）通常是工程师职称的一种，它是由所在公司为其员工评定的。如果您在原公司获得的助工证，在注册二级建造师后，并不会自动转移到新注册的公司。

- 若您希望在新公司继续使用助工证，需要与原公司沟通，办理相关转移手续。
- 同时，新公司可能需要您提供相关资料，按照他们的规定流程进行职称确认或变更。

3. 注意事项：
- 在办理转移手续时，请确保遵守相关规定，避免影响个人职称资格。
- 与原公司和新公司的人力资源部门沟通，了解具体的操作流程和所需材料。
- 转移过程中，可能会涉及到一些证明文件的重新开具，如工作证明、离职证明等。

总结：
助工证不会自动随二级建造师注册的公司而转移，需要您主动与原公司和新公司沟通，办理相应的转移或确认手续。在此过程中，请确保符合相关规定，以便顺利完成转移。

希望以上回答能够帮助您解决问题，如有其他疑问，欢迎继续提问。祝您工作顺利！