独立网店的好处包括：

1. 自主经营：独立网店可以自主经营，自由决定产品、价格、促销等策略，不受第三方平台的限制。

2. 品牌建设：独立网店可以更好地建立自己的品牌形象，提升品牌价值。

3. 数据掌控：独立网店可以掌控自己的数据，包括客户信息、订单数据等，更好地了解客户需求和市场趋势。

4. 利润提升：独立网店可以减少平台佣金和其他费用，提高利润率。

目前市场上有很多优秀的电子商务系统，如Magento、Shopify、WooCommerce等。选择哪个公司的网店系统，需要根据自己的需求和预算来综合考虑。建议选择功能全面、易用性高、安全性好的系统，并且要考虑售后服务和技术支持等方面。