我想可能有以下几个原因吧
第一，海关为了方便管理，企业如果都自理报关，那样向海关递交的单证由于报关员水平参差不齐就会出现各种各样的错误，增加海关审核单证的时间和难度。设立代理报关公司后海关可以统一代理报关规范，方便管理。
第二，代理报关公司有审核企业单证的义务，拒绝为提交不真实单证的企业提供服务，杜绝了一部分利用假单证瞒报、低保、漏报等情况的发生。
第三，很多企业距离海关非常远，代理公司一般都在海关附近，在处理海关问题上比较有时间优势，只需要壹份长期的委托即可。
第四，企业报关是海关是要收取报关费用的，海关预录入中心和代理公司之间是不需要票结的，如果是企业自理报关，那样买报关单，报关委托书，交预录费等就给海关增加了很大一块工作量，同时也影响了清关速度。
第五，海关通关大厅是窗口式的，及时个别自理报关的企业网上发送数据后也要到现场递交纸质单据，如果都是企业的报关员的话，报关大厅的队伍不会比火车站的队伍差多少。
可能还有其他原因，以上这些不一定准确，属于个人分析的。