外贸企业出口货物发生退运的，应先向主管税务机关申请开具《出口货物退运已补税（未退税）证明》并携其到海关申请办理出口货物退运手续。出口企业发生退货，需在出口退税申报系统进行退运证明录入，生成电子数据，持纸质退运已补税（未退税）证明申请表等资料去主管税务机关办理出口商品退运证明。外贸企业发生退运的，已申报退税的，需先补税，未申报退税的，不需补税。申请开具《出口货物退运已补税（未退税）证明》时应填报《退运已补税（未退税）证明申请表》，提供正式申报电子数据及下列资料：
①出口货物报关单（退运发生时已申报退税的，不需提供）；
②出口发票（外贸企业不需提供）；
③税收通用缴款书原件及复印件（退运发生时未申报退税的不需提供）；
④主管税务机关要求报送的其他资料。
在外贸企业出口退税申报系统录入退运证明的操作说明:
进入外贸企业出口退税申报系统－进入向导－单证申报向导，
(1)第二步－单证申报数据录入-退运已补税（未退税）证明申请表-录入数据后‚点击“设置标志”；
(2)第五步-生成正式申报软盘-打印单证申报数据-退运已补税（未退税）证明申请表；
(3) 第五步-生成正式申报软盘-生成单证申报数据。
（2）外贸企业退运时的账务处理：
冲减退运收入：
借：应收外汇账款（红字）
贷：主营业务收入－出口收入（红字）
借：主营业务成本（红字）
贷：库存商品（红字）
借：主营业务成本（征退税率之差）
贷：应交税费－应交增值税（进项税额转出）（征退税率之差）
对已办理申报退税的出口货物，根据其主管税务机关规定的应补交税款，作如下会计分录：
借：应交税费－应交增值税（出口退税）
主营业务成本（消费税退税）
贷：银行存款