自2004年7月1日起，报关员注册列入海关行政许可项目之一。报关员向海关提出注册行政许可申请获得批准后，方可办理注册登记手续。行政许可期限为2年。到期前如继续从事报关工作，则须办理行政许可延续手续，符合行政许可条件的予以批准延续2年。否则不予批准。有关报关员考试资格证书有效期问题，请参阅海关总署（2019署令135号）。
报关员资格证的有效期按三个不同的阶段划分。
1.注册前（从事报关员工作前）：就是考取资格证后不立即注册，那么这个期限是三年。也就是说考取资格证后从发证日开始（按证书上的时间）算可以在三年内注册，超过第三年的最后期限仍没有注册就失效了。
2.注册后（从事报关员工作期间）：报关员资格证注册后海关会再发报关员证凭以履行报关员工作，需要每年参加年审，只要每年的年审通过说明注册一直有效，资格证页就是随着一直有效。
3.注销注册（脱离报关员岗位期间）：离开你作为注册的报关员工作的企业需要注销你的注册，注销后到再次找到新的企业注册前的这段时间被称为脱离报关员岗位期间，这个期间你的报关员资格证仍然有效，有效的期限是两年。有就是从你注销之日开始算到你再次注册期限是两年。两年期限截止后仍未注册报关员资格证书失效。