您好！这个问题涉及到税务处理中的一个常见误区。首先，我们来澄清一下您的疑问。

根据您的描述，您在处理差额减去分包款时，认为应该直接使用不含增值税的金额，因为已经有了增值税发票。但实际上，答案中使用9%进行价税分离的做法是正确的。这里可能存在几个理解上的误区：

1. **进项税与销项税的不同处理**：虽然实际分包款的进项税可能是3%，但在计算销项税时，通常需要按照规定的税率进行。在您提到的案例中，如果规定的税率是9%，那么就应该按照9%的税率来进行价税分离。

2. **差额征税的特殊规定**：差额征税是指企业按照取得的全部价款和价外费用扣除支付给其他单位的分包款后的余额作为销售额计算缴纳增值税。在这种情况下，应按照以下步骤进行计算：
- 先按规定的税率计算含税销售额。
- 再扣除分包款。
- 最后计算增值税。

3. **您的做法可能存在的错误**：
- 如果您直接使用了不含增值税的金额，那么实际上没有正确反映应纳税的销售额，这会导致税额计算不准确。
- 另外，增值税发票上记载的税额是进项税，它用于抵扣企业支付的税款，而不是用于计算销项税的依据。

以下是正确的处理方式：

**价税分离的计算方法**：
- 首先，根据发票记载的含税金额，按规定的税率（在这个例子中是9%）进行价税分离，计算出不含税的金额。
- 然后，从总的不含税销售额中减去分包款的不含税金额。
- 最后，根据剩余的不含税销售额计算应缴纳的增值税。

**总结**：
请记住，增值税的计算是基于不含税的销售额和规定的税率来进行的。即使在有进项税的情况下，也要遵循这一原则。这也就是为什么在您的问题中，答案建议使用9%的税率进行价税分离的原因。

希望这次解释能够帮助您理解差额征税和价税分离的正确处理方式，如果还有其他问题，请随时提问。祝您工作顺利！