尊敬的老师，您提出的问题关于个人所得税的专项附加扣除，这是一个很好的税务理解问题。

首先，专项附加扣除是指个人在计算应纳税所得额时，可以在税前扣除的一些支出，如子女教育、继续教育、大病医疗等。根据中国税法，这些扣除可以在年度的预扣预缴环节或者年度结束后的汇算清缴环节进行。

解释您的问题：

1. **在汇算清缴时扣除**：这意味着您在一年结束后的综合所得年度汇算清缴时，将专项附加扣除额度从您的总所得中扣除，以计算应补或应退的税款。

2. **在预扣预缴时扣除**：这是指在收入取得时，在每个支付周期的预扣预缴环节，就已经提前扣除了专项附加扣除的额度，减少了每次预扣的税额。

您提出的疑问是，如果在预扣预缴时已经扣除了，那么在汇算清缴时再算出来的应纳税额减去已预缴的税额，似乎就把之前优惠的部分“补回来”了。

实际上：

- **选择的意义**：选择在哪个环节扣除，主要意义在于现金流管理。在预扣预缴时扣除，能够减少每个支付周期的税负，有利于纳税人获得更多的现金流。而如果在汇算清缴时扣除，虽然最终应纳税额可能相同，但前期现金流会相对紧张。

- **“补回”的疑问**：实际上并不会“补回”。因为在预扣预缴时已经享受了扣除，减少了当时应缴的税款。汇算清缴时，是对照全年累计的收入和扣除项来计算最终应纳税额，如果预扣预缴的税款已经考虑了这些扣除，那么汇算清缴时只需调整差额，而不是将之前的扣除部分“补回”。

总结：

选择在汇算清缴还是预扣预缴时扣除，对于最终应纳税额的影响是相同的，区别仅在于对现金流的影响。通过合理选择，纳税人可以根据自己的财务状况，选择最适合自己的扣除时间点。

希望我的回答能够解决您的疑问，如有其他问题，欢迎继续咨询。