首先，关于投资中借款的使用顺序，一般来说，如果存在专门借款，确实应该优先使用专门借款进行投资。这是因为专门借款通常有特定的用途和更低的利率，从而可以降低投资成本。

1. 使用专门借款投资：
专门借款4000元应当先用于投资，因为其利率较低，甚至可能是0利息，这样可以最大程度地减少利息支出，提高投资回报。

2. 关于利息扣除的问题：
如果投资中需要扣除利息，通常的考虑是利息支出与借款的时间匹配。如果扣除3个月的利息，可能是因为：
- 这是一般借款的条款，要求在投资初期就扣除一定期限的利息。
- 或者是基于现金流管理的考虑，即预计投资在3个月后会产生足够的回报来覆盖这部分利息。

为何不是扣除剩余1000元一整年的利息？
这可能取决于借款的具体条款。通常情况下，如果是按年计息，且借款期限为一年，那么可能会在借款初期扣除全年利息。但如果是按季或者按月计息，则可能按期扣除。

- 如果是按季计息，扣除3个月的利息是合理的，因为后续的利息将在投资收益中逐步扣除。
- 如果是按年计息，但借款方要求在借款初期就扣除全年的利息，这可能是为了简化操作或现金流管理。

总结：
在投资时，应优先使用专门借款。至于利息的扣除，这取决于借款的条款和利息的计算方式。通常，借款方会根据借款的期限和利率来确定利息的扣除时间和方式。

希望上述解释能够帮助您理解借款投资中的这些财务安排，如果还有其他疑问，欢迎继续提问。我会耐心为您解答。