您好！关于您提出的问题，税率之所以是3%，很可能是因为这批小工具属于农产品范畴或者是其他适用低税率的商品，或者是由于税收政策对某些类型的企业给予了优惠政策。以下是根据我国税收政策可能存在的情况进行的详细解释：

1. 农产品税率：根据中国现行的增值税政策，农产品销售通常适用较低的税率，有时候这个税率会是3%。如果该工具厂生产的小工具属于农产品范围，那么进项税额的税率就是3%。

*《中华人民共和国增值税暂行条例》规定，对农产品销售可以适用较低的税率。*

2. 小规模纳税人：如果该工具厂是小规模纳税人，按照我国的相关规定，小规模纳税人适用的增值税税率通常较低。自2019年4月1日起，小规模纳税人的增值税征收率通常为3%，但存在特殊情况会有调整。

*《财政部 国家税务总局关于小规模纳税人增值税政策的通知》明确了小规模纳税人的税率问题。*

3. 优惠政策：某些地区或行业可能会享有特定的税收优惠政策。例如，对于一些鼓励发展的产业或者区域，政府可能会给予一定的税收减免，这也可能导致税率为3%。

*各类税收优惠政策由地方政府或者财税部门具体规定，可能存在地区差异。*

综上所述，这批小工具进项税额的税率为3%，可能是因为上述原因之一。为了准确确认，建议您查看具体的税收政策文件，或是与工具厂及税务部门进行确认。

希望我的回答能够帮助到您，如果还有其他问题，请随时提问。我会尽力为您解答。谢谢！